La Fondazione opera sulla base di due documenti programmatici:

• Linee Guida Triennali: come soggetto esponenziale del patriarcato, ente di riferimento della Fondazione, il Gran Cancelliere, avvalendosi dell’apporto progettuale ed ideativo del Consiglio di Amministrazione, elabora le "Linea Guida triennali", che costituiscono la base programmatica delle attività della Fondazione e nelle quali vengono individuate le priorità programmatiche e i settori di intervento.


• Programmazione annuale: Il Presidente, coadiuvato dal supporto scientifico del Consiglio di Amministrazione, predispone un documento di programmazione annuale che viene aggiornato in continuo.